Mustafa Erdoğan son otuz yılda anayasa teorisi ve hukuku, insan hakları, hukuk ve siyaset teorisi alanlarında çok sayıda eser verdi. Türkiye Bilimler Akademisi aslî üyesi de olan Erdoğan'ın başlıca eserleri şunlardır: İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku (5. b., 2018), Türk Anayasa Hukuku (2018), Hukuk ve Adalet (2017), Anayasa Hukukuna Giriş (2017), Anayasal Demokrasi (13. b., 2017), Türkiye'de Anayasalar ve Siyaset (9. b., 2016), Aydınlanma, Modernlik ve Liberalizm (2006), Anayasa ve Özgürlük (200 ...